今天向大家推介一个实用的工具，用来从NCBI的ftp直接下载指定物种范围的微生物基因组。
比如说，你想下载全部NCBI的refseq的全体细菌基因组（默认是refseq参考序列数据库），默认的格式为genbank：
ncbi-genome-download bacteria
ncbi-genome-download --section genbank fungi
全体病毒的fasta序列：
ncbi-genome-download --format fasta viral
完成且为染色体水平的全体细菌基因组组装
ncbi-genome-download --assembly-level complete,chromosome bacteria
大多数情况下，我们也许只是要属于某一个属或种的基因组。那么我们需要指定明确的分类。
ncbi-genome-download--genus"Streptomyces coelicolor,Escherichia coli" bacteria
如果你有很多的taxonomy ID，那么可以把它们塞到一个文件里：
ncbi-genome-download --taxid my_taxids.txt --assembly-level chromosome vertebrate_mammalian
图1
只有一条结果，点进去：
图2
该页面最下方还显示了详细的物种分类层级
图3
新冠病毒属于冠状病毒科下面的贝塔冠状病毒的沙贝病毒亚属（Sarbecovirus）。我们要着重注意的信息是新冠病毒的物种ID为2697049 （图2）。接下来，执行以下命令：
ncbi-genome-download --section genbank --taxid 2697049 viral
注意，最后的viral必不可少，因为它告诉程序是在所有病毒里找寻（有个别分属真核生物和原核生物的物种有相同的属名）。
图4
打开基因组文件夹，就可以看到里面的genbank格式的文件已经准备就绪了。更多参数，大家可以通过—help查阅
图5
在该软件的主页，有详细的安装和使用说明。
图6
本文作者原创，原载于生信人公众号